據(jù)馮軍介紹，華旗十幾年的發(fā)展表明，只有堅持技術(shù)、設(shè)計和應(yīng)用等方面的創(chuàng)新，建立創(chuàng)新的一系列機制，才能保證公司整體創(chuàng)新環(huán)境的建立及企業(yè)長久發(fā)展。
目前，愛國者已經(jīng)成功建立了一個由多個分支機構(gòu)組成、各有專長的研發(fā)中心，公司在最高管理層中設(shè)立了研發(fā)副總裁，負責研發(fā)中心統(tǒng)一管理，華旗現(xiàn)在的研發(fā)設(shè)計人員約500人，其中博士及海外歸國技術(shù)人員占10%，碩士研究生占30%以上。
1999年，華旗看準互聯(lián)網(wǎng)等產(chǎn)業(yè)的發(fā)展機會，開始將產(chǎn)品方向朝大容量的移動硬盤轉(zhuǎn)移。最初引進了1G硬盤，后來又開始自主研發(fā)5G和10G的硬盤。1999年11月，華旗愛國者5G硬盤上市后馬上吸引了石油以及政府這些需要大容量存貯的專業(yè)機構(gòu)采購，這些部門的批量訂貨也讓華旗看到了自主創(chuàng)新的出路。
推出自有品牌產(chǎn)品之后，華旗注重設(shè)計和應(yīng)用領(lǐng)域的創(chuàng)新工作。這種集成外來技術(shù)進行整合創(chuàng)新的路徑，造就了華旗在MP3領(lǐng)域的多個世界第一。USB移動存儲技術(shù)和MP3播放芯片都不是華旗發(fā)明的，但華旗是全球第一家將二者結(jié)合并“擴容”原始MP3功能的企業(yè)；當彩屏MP3在海外市場出現(xiàn)后不久，華旗卻在這個基礎(chǔ)上推出享有自主專利的視頻MP3、眼鏡MP3、手表MP3。
2004年，華旗數(shù)碼研究院將研發(fā)800萬像素數(shù)碼相機列入產(chǎn)品規(guī)劃時，一度為掌握在日本公司手中的鏡頭成像和CCD等數(shù)碼技術(shù)專利所困擾。按照行業(yè)發(fā)展現(xiàn)狀，國內(nèi)任何數(shù)碼相機提供商，都無法回避這些專利技術(shù)的困擾，解決問題的方式只有向這些專利掌控者們證明華旗的技術(shù)實力。
2004年7月，華旗研究院完成了水印和數(shù)碼成像技術(shù)第一期集成方案，圍繞該方案華旗研究院擁有12項發(fā)明專利和3項軟件著作權(quán)。經(jīng)過漫長的談判，華旗終于實現(xiàn)了與日本相關(guān)廠商的專利共享，華旗才有了可以說是中國人自己的800萬像素數(shù)碼相機。
“我們要塑造一個集研發(fā)、推廣、服務(wù)為一體的新華旗，它將成為一個在任何所從事的領(lǐng)域都數(shù)一數(shù)二的企業(yè)，它將成為一個在任何時候都讓國人驕傲的名字。”馮軍說，“我們要將愛國者建設(shè)成為令國人驕傲的國際品牌。”
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